自2011年《国务院关于加强环境保护重点工作的意见》(国发〔2011〕35号)提出划定生态红线任务后,环境保护部于2012年3月召开了全国生态红线划定技术研讨会,组建技术组对全国生态红线划定工作进行了总体部署。
2013年，环境保护部根据生态保护红线提出的背景与发展过程,兼顾资源、环境、生态三大领域重大问题与保护需求，提出了构建以生态功能红线、环境质量红线和资源利用红线为核心的国家生态保护红线体系。划定生态功能红线旨在保护对于维护自然生态系统服务持续稳定发挥、保障国家和区域生态安全具有关键作用的国土空间。《指南》定位就是为国家生态功能红线划定提供技术支撑。
2014年，环保部将完成全国生态保护红线划定任务，《指南》的发布标志着生态保护红线划定工作进入全国整体推进阶段。下一步，环境保护部将对《指南》开展全国范围的技术培训工作,以省级行政区为单位落实生态功能红线划定任务。继续深化试点省份生态功能红线工作，建立适用于全国各地生态功能红线边界核定技术体系，使生态功能红线落地。
